Здравствуйте, Вероника!
Похоже, что у вашего сына проявляется боязнь вынужденного нахождения в незнакомом замкнутом пространстве с чужими людьми. Такая боязнь может возникать в силу пережитого ребёнком личного опыта (напр. с медперсоналом в поликлинике: анализы, прививки, др. даже на взрослый взгляд самые безобидные манипуляции) или (др. пр. в раннем детстве  родственники часто стремятся потискать ребёнка, проявить к нему свою нежность, а ребёнок может переживать это как опасное внедрение в своё личное пространство).
Так же причиной такого страха могут быть особенности темперамента ребёнка: например некоторым деткам нужно довольно много времени для "ориентировки на местности": попали в маршрутку, нужно всё осмотреть -  "всё ли спокойно и безопасно для меня?"; машина тронулась - ситуация изменилась, тело работает, чтобы удержать равновесие, даже на руках у мамы, за окном быстро сменяются картины, и незнакомые люди уже сидят вокруг или входят на остановках. Всё это составляет слишком плотный поток сенсорных стимулов, который вызывает беспокойство малыша.  Мне известен случай, когда ребёнок в возрасте с  1,5 до 2-х лет боялся ездить в незнакомом легковом автомобиле, где был чужой водитель.
Вам, Вероника, можно посоветовать и в дальнейшем не форсировать поездки в общественном  транспорте, когда это возможно. Через  4-6 месяцев можно будет снова пробовать  переезды  в маршрутном автобусе. Психика малыша развивается большими темпами и способна преодолевать  и справляться с ситуациями беспокойства. Но и вам, как маме, необходимо последить за своими эмоциональными реакциями на страхи вашего сына. Что чувствуете, когда он начинает плакать? Беспокойство, смущение по отношению к окружающим, страх, что дальше  будет хуже или др.? Каждое ваше переживание вносит свою лепту в беспокойство малыша.  Идеально в этой ситуации было бы следующее ваше внутреннее  эмоциональное состояние: «Я вижу , что тебе плохо и страшно. Я чувствую, что ты беспокоишься. Мне от этого тоже беспокойно. Постараюсь поскорее как-то изменить для тебя  окружающую обстановку, чтоб она была более  безопасной.»
Достаточно ли вам такой информации? Если есть ли ещё вопросы, жду их.
С уважением, Елена.